Durante la segunda mitad del siglo XIII, l'Alguer se encuentra bajo la influencia económica y política de Genova, sobretodo a través de la potente família Dória, que de ser una villa de pescadores, pasa a ser un centro comercial y empieza así las obras de fortificación.

 

La Confederación Catalano-Aragonesa que, a partir del 1.321, había comenzado la ocupación militar de la isla de Cerdeña,  Llegó a conquistar la plaza fuerte de l'Alguer el 27 de Agosto de 1353,  con la batalla naval de Port Comte, durante la cual, las flotas catalanas y venecianas, capitaneadas por Bernart de Cabrera, derrotan a la armada Genovesa.

 

Una conquista, pero, que dura pocos días, porqué después que Bernart de Cabrera zarpa con la flota para volver a Càller, los algareses se sublevan y entregan nuevamente la ciudad a Génova.

 

El año siguiente es el mismo Pere III el Ceremoniós, que guia la campaña de reconquista y, después de un sitio que dura de Junio hasta el 16 de Noviembre, entra victorioso a l'Alguer, que así empieza la larga historia catalana en el Alguer.

 

Después de la conquista, el Rey pone en marcha una política de radical catalanización de l'Alguer, que se basa sobretodo en una masiva repoblación de la ciudad con catalanes porcedentes de todos los dominios y reservando, a quien acepta ir a l'Alguer, todo una serie de privilegios de tipo económico, penal y fiscal.

 

Empieza así los años de oro de l'Alguer Catalana,  también se alternan con periodos de guerras, pestes, carencias, duante las cuales la ciudad y el pueblo no abandonaron nunca las esperanzas y las iniciativas para encontrar esa tranquilidad y prosperidad que siempre buscaron.

 

La segunda mitad del siglo XV, los cambios dinásticos y los problemas de ámbito de la política española, tienen repercusiones negativas en l'Alguer,  que pierde los privilegios y el prestigio en Cerdeña,  y entra en una crisis económica y comercial,  también causada por la expulsión, de todos los dominios españoles, de los judios, que en l'Alguer tenia una florida comunidad.

 

En el año 1495 Fernando el Católico, modificando la politica de repoblación de la ciudad, hasta aquel momento realizado con gente de los paises catalanes, da facultad a los consellers de conceder la ciudadania también a los sardos.

 

A principios del siglo XVI, el rey concede a l'Alguer el titulo de ciudad y despues de una larga negociación, obtiene del papa Julio II, el 26 de Noviembre de 1503, en el ámbito de la reforma territorial de las diócesis sardas,  promuebe a l'Alguer la seo episcopal.

 

Pocos decenios después, el Emperador Carlos V que en 1531, de viaje por la campaña militar de Argelia, hace una etapa en l'Alguer, visita la ciudad y segun la tradición, gratifica con las famosas palabras "bonita por mi fe, y bien asentada" mientras contemplaba la Torre  de l'Esperó Real.

 

Al final del siglo XVI la ciudad se ve protegida y cerrada con aquellas esplendidas murallas y torres, que aún hoy se pueden en parte admirar.   En plena auge de prosperidad, dos momentos trágicos frenan el camino a su expansión económica y social. Sufriendo dos brotes de peste en 1582 y en 1652 que devastaron la comuniad algaresa.

 

Al principio del siglo XVIII, l'Alguer, pasa a depender de la corona española, a la corona Austriaca (1708) y después pasa a manos de los Principes de Saboya,  interrumpiendo cualquier relación con la Corona Catalano-Araganesa que de hecho había sido absorbida a la vez por la ocupación castellana del Principado.

 

L'Alguer en manos de los Saboya, le comporta una drástica reducción de su rol y de la importancia estratégica que hasta el momento había tenido,  cayendo en el olvido mutuo con los paises catalanes.